Да, обычно размещение в платных каталогах идет на определенный период, чаще всего на год. Потом можно продлить если нужно. Насчет негативных последствий от исчезновения ссылок - если это единичная ссылка из каталога, то ничего страшного не произойдет. Поисковики понимают что ссылки могут появляться и исчезать, это естественный процесс. Проблемы могут быть если резко пропадает большое количество ссылок одновременно. Поэтому если используешь каталоги как часть ссылочной стратегии, лучше размещаться в разных каталогах с разными сроками, чтобы не было резких скачков. Продлевать или нет зависит от твоей стратегии и бюджета.